More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5080 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.22 
 
 
252 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.25 
 
 
252 aa  477  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.44 
 
 
252 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.44 
 
 
252 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.46 
 
 
252 aa  474  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.65 
 
 
252 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
253 aa  277  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
248 aa  265  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
255 aa  256  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
254 aa  237  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  46 
 
 
253 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  45.97 
 
 
253 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
255 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
255 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  46.77 
 
 
253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
255 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
253 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
254 aa  192  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
272 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
252 aa  188  7e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
253 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  44.53 
 
 
253 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  42 
 
 
253 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
253 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  43.32 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
253 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  43.72 
 
 
255 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
257 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
253 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
250 aa  175  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
255 aa  175  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
255 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
260 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.59 
 
 
256 aa  170  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
264 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
277 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
257 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
253 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
249 aa  161  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
258 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
263 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
255 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
246 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
256 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
262 aa  159  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
255 aa  157  1e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  39.75 
 
 
262 aa  156  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
252 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.73 
 
 
262 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
250 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
251 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  39.43 
 
 
248 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
248 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.02 
 
 
251 aa  153  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
252 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
250 aa  153  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
249 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
245 aa  152  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
251 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
247 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
252 aa  151  8e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
245 aa  151  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
251 aa  150  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
248 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
253 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
255 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  40.82 
 
 
261 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
255 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
251 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  38.8 
 
 
265 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
263 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
253 aa  149  5e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34 
 
 
255 aa  149  5e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
247 aa  149  6e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.84 
 
 
274 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
252 aa  148  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
290 aa  148  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  37.7 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>