More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6225 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.33 
 
 
252 aa  352  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  51.78 
 
 
255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  49 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  49.59 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
253 aa  231  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
282 aa  229  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
257 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
250 aa  221  7e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  45.97 
 
 
256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
257 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
252 aa  214  8e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
283 aa  211  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  47.33 
 
 
253 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  46.5 
 
 
253 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
258 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 
253 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  48.15 
 
 
253 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 
253 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
253 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
250 aa  205  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.58 
 
 
246 aa  205  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  46.4 
 
 
253 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  46.18 
 
 
254 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.58 
 
 
246 aa  203  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
251 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  45.75 
 
 
248 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  43.6 
 
 
247 aa  203  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
256 aa  203  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
248 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
246 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.86 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
265 aa  200  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  42.4 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  45.12 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  43.2 
 
 
247 aa  199  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  45.56 
 
 
254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
249 aa  199  5e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
253 aa  198  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  198  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
249 aa  198  7.999999999999999e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
252 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
251 aa  195  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
250 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
253 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
250 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
277 aa  192  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
250 aa  192  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.24 
 
 
272 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  191  7e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
251 aa  191  7e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
252 aa  191  9e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.11 
 
 
265 aa  191  1e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.18 
 
 
251 aa  188  5.999999999999999e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
254 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
269 aa  188  9e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
249 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
250 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
255 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
255 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
255 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.85 
 
 
246 aa  186  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  5e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 
254 aa  185  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  46.4 
 
 
253 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
254 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
252 aa  185  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
254 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.67 
 
 
247 aa  185  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
254 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
262 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  8e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
258 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  8e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.26 
 
 
246 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.85 
 
 
246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  45.56 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.44 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.74 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.44 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  44.05 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
270 aa  182  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
252 aa  182  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
246 aa  181  7e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
250 aa  181  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
255 aa  182  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
255 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
255 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
251 aa  181  1e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>