More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4456 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  510  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  68.53 
 
 
254 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  68.53 
 
 
254 aa  342  5e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  68.53 
 
 
254 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  69.6 
 
 
254 aa  339  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  67.06 
 
 
255 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  66.53 
 
 
254 aa  328  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  67.06 
 
 
255 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  64.54 
 
 
255 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  62.2 
 
 
255 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 
254 aa  307  9e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  62.95 
 
 
253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  67.58 
 
 
257 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2587  short chain dehydrogenase  67.97 
 
 
257 aa  298  9e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  58.33 
 
 
254 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  61.02 
 
 
256 aa  291  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  56.75 
 
 
254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  57.37 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  57.96 
 
 
249 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0751  short chain dehydrogenase  58.41 
 
 
250 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.450614  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2039  short chain dehydrogenase  57.96 
 
 
250 aa  258  6e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1734  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
249 aa  241  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.747593  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
252 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.15 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
252 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
256 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  182  7e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
282 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
250 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
330 aa  176  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
257 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
261 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.64 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
250 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  39.44 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  41.15 
 
 
269 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
251 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  36.9 
 
 
261 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
254 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
252 aa  169  5e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  168  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  38.34 
 
 
261 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  36.9 
 
 
261 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  36.9 
 
 
261 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  40.77 
 
 
269 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  36.9 
 
 
261 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  38.34 
 
 
261 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.83 
 
 
248 aa  167  2e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
249 aa  166  4e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
251 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
267 aa  165  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 
255 aa  165  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  41.25 
 
 
265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.52 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
256 aa  165  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  37.55 
 
 
261 aa  165  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  37.94 
 
 
261 aa  164  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  37.55 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  39.44 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
258 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.52 
 
 
246 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
258 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  37.55 
 
 
261 aa  163  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  40.87 
 
 
257 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.63 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.2 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.2 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
246 aa  162  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
258 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  161  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
258 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  39.92 
 
 
263 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
251 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>