More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1335 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
250 aa  289  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.85 
 
 
256 aa  246  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 
251 aa  242  5e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  241  1e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.03 
 
 
252 aa  232  5e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
249 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
251 aa  215  7e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
282 aa  214  9e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
251 aa  205  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
258 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
252 aa  194  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
252 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
253 aa  192  6e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
257 aa  191  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
321 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.55 
 
 
256 aa  188  7e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
252 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
255 aa  186  4e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
282 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
248 aa  185  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
252 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.52 
 
 
262 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
255 aa  180  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
252 aa  175  8e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
250 aa  175  9e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
263 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.94 
 
 
268 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
246 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
255 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  39.27 
 
 
247 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
265 aa  170  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.41 
 
 
246 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  39.43 
 
 
247 aa  170  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
249 aa  169  5e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.04 
 
 
246 aa  168  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 
254 aa  168  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
251 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  166  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
251 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
256 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
253 aa  165  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
255 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
256 aa  164  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
265 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
253 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
249 aa  161  9e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  40.56 
 
 
251 aa  161  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43336  Glucose 1-dehydrogenase peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  39.53 
 
 
253 aa  161  1e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
257 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.68 
 
 
251 aa  161  1e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 
252 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
253 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
253 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
253 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
256 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
246 aa  158  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
258 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
249 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
255 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
255 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
253 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.78 
 
 
257 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
253 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 
253 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
257 aa  156  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
251 aa  156  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
248 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  39.04 
 
 
253 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
252 aa  155  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
249 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
254 aa  155  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
251 aa  155  8e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
248 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
251 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
255 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
255 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08561  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G14340)  38.81 
 
 
298 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.291178  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
250 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
249 aa  154  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>