More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4584 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  100 
 
 
252 aa  490  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  60 
 
 
254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  59.2 
 
 
254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  59.2 
 
 
254 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  58.8 
 
 
254 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  59.45 
 
 
255 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  58.27 
 
 
255 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 
254 aa  263  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  57.03 
 
 
254 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  59.36 
 
 
256 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  57.37 
 
 
258 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  54.94 
 
 
255 aa  251  7e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0751  short chain dehydrogenase  62.65 
 
 
250 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.450614  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2039  short chain dehydrogenase  62.25 
 
 
250 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  56.56 
 
 
249 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 
255 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  54.4 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  53.54 
 
 
253 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
254 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2587  short chain dehydrogenase  54.4 
 
 
257 aa  235  7e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 
254 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1734  short chain dehydrogenase  54.1 
 
 
249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.747593  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.95 
 
 
256 aa  175  8e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
255 aa  172  6.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
251 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.48 
 
 
251 aa  169  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
252 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
248 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
262 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
253 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
261 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
330 aa  158  7e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
261 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
250 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
256 aa  158  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
257 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
253 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
257 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
267 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
252 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
255 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
249 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
250 aa  152  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
252 aa  152  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
249 aa  152  5e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.76 
 
 
247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  151  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
258 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
248 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.13 
 
 
246 aa  150  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
267 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
250 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 
250 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.65 
 
 
247 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.08 
 
 
259 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40.61 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.49 
 
 
246 aa  149  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
269 aa  149  4e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  37.4 
 
 
261 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
248 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
256 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
253 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.47 
 
 
259 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.61 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
260 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
254 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
252 aa  146  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
254 aa  145  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
249 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
253 aa  145  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
264 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
281 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
249 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>