More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0924 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
321 aa  619  1e-176  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
277 aa  276  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 
282 aa  238  8e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
251 aa  237  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52 
 
 
252 aa  229  5e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
251 aa  228  9e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  50.41 
 
 
256 aa  217  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
252 aa  216  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
249 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
250 aa  212  5.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
250 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
256 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
251 aa  205  7e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
282 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
256 aa  204  1e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
252 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
250 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
258 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  44.35 
 
 
249 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
257 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.67 
 
 
256 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
252 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
255 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
252 aa  186  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
252 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
252 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
253 aa  182  7e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
255 aa  181  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
250 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  43.95 
 
 
253 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
265 aa  180  4e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
255 aa  179  4e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  43.55 
 
 
253 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
262 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
265 aa  179  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  46.47 
 
 
246 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.93 
 
 
249 aa  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
253 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.03 
 
 
262 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
253 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
272 aa  176  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.47 
 
 
244 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 
253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
251 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
276 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
262 aa  172  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  44.62 
 
 
259 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
253 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
253 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
259 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
249 aa  170  4e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.63 
 
 
246 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
246 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 
253 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
258 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
269 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.98 
 
 
252 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
255 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
258 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.28 
 
 
246 aa  169  6e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
250 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
258 aa  169  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
258 aa  169  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  44.53 
 
 
255 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
269 aa  168  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
259 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
259 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
269 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
259 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
258 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
247 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
259 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
247 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
259 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.28 
 
 
246 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
257 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.45 
 
 
250 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.93 
 
 
250 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.93 
 
 
250 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.28 
 
 
247 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
246 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.5 
 
 
250 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
264 aa  166  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.57 
 
 
246 aa  166  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
253 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
253 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
262 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
263 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>