More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1274 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  505  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 
251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
251 aa  249  2e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
252 aa  247  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.24 
 
 
256 aa  246  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
250 aa  245  4.9999999999999997e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  49.8 
 
 
252 aa  236  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
252 aa  232  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
282 aa  229  5e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
252 aa  224  8e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
321 aa  217  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
250 aa  216  4e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
250 aa  210  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
251 aa  209  3e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
252 aa  207  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
253 aa  206  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
262 aa  205  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
277 aa  204  9e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
265 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.9 
 
 
256 aa  194  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
249 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
258 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
253 aa  193  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.53 
 
 
250 aa  192  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
252 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
253 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.77 
 
 
262 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
256 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
256 aa  190  2e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  45.78 
 
 
251 aa  187  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
255 aa  187  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
248 aa  185  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
282 aa  183  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
253 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
260 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  44.18 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
254 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
257 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  42.57 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
263 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  42.57 
 
 
247 aa  178  8e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
253 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.06 
 
 
246 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
246 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
255 aa  177  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
253 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
252 aa  176  2e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
250 aa  176  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
302 aa  176  3e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
255 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.06 
 
 
246 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
255 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
268 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43336  Glucose 1-dehydrogenase peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  41.57 
 
 
253 aa  175  5e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  42.29 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.55 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
250 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
255 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
256 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.36 
 
 
272 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
252 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  38.61 
 
 
257 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
249 aa  170  2e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
253 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
248 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
248 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
257 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
251 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
255 aa  170  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  41.18 
 
 
257 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
255 aa  169  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
249 aa  169  4e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
253 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  41.98 
 
 
249 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
257 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
272 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
257 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
258 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
257 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
255 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
272 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>