More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2377 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.06 
 
 
251 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
251 aa  281  5.000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  57.32 
 
 
256 aa  271  9e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.2 
 
 
252 aa  257  1e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
250 aa  256  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
251 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
282 aa  251  6e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
252 aa  246  3e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
252 aa  242  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
277 aa  228  6e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
250 aa  223  3e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
251 aa  211  7e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
321 aa  211  7.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.98 
 
 
250 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
256 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.04 
 
 
253 aa  202  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  42.97 
 
 
256 aa  195  7e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
252 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
246 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  42.68 
 
 
249 aa  191  9e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
255 aa  191  9e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
257 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.13 
 
 
246 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
268 aa  189  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.13 
 
 
246 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
258 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
250 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
247 aa  182  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
248 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.8 
 
 
262 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
257 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
248 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
252 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
247 aa  178  8e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43336  Glucose 1-dehydrogenase peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  43.48 
 
 
253 aa  178  8e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
251 aa  178  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
265 aa  177  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
258 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.43 
 
 
272 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  43.14 
 
 
257 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
249 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
256 aa  176  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
251 aa  176  4e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  42.69 
 
 
253 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
253 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
249 aa  175  6e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
255 aa  175  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
258 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
258 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.75 
 
 
259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
254 aa  172  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
252 aa  172  5e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
257 aa  171  6.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
261 aa  171  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
249 aa  171  7.999999999999999e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
248 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
248 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
259 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
246 aa  170  2e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
251 aa  170  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  42.52 
 
 
258 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
252 aa  169  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
256 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
272 aa  168  7e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
246 aa  168  7e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
272 aa  168  7e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  38.96 
 
 
247 aa  168  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
253 aa  168  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.63 
 
 
249 aa  167  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
253 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  41.04 
 
 
257 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
250 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.87 
 
 
251 aa  167  1e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
255 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
258 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  38.71 
 
 
247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
254 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
247 aa  165  5e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
253 aa  165  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>