More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2627 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  542  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  52.96 
 
 
257 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
252 aa  258  1e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.51 
 
 
251 aa  228  8e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  46.24 
 
 
258 aa  222  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  46.24 
 
 
261 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.62 
 
 
246 aa  218  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.62 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  44.78 
 
 
259 aa  214  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.86 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
271 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
251 aa  209  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
250 aa  210  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
269 aa  208  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  45.83 
 
 
282 aa  208  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
251 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
250 aa  202  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
250 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
244 aa  196  3e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  43.4 
 
 
261 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
248 aa  195  6e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
254 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
248 aa  193  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  40.98 
 
 
247 aa  194  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
255 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201856  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
256 aa  192  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  41.29 
 
 
247 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
255 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0696546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.72 
 
 
246 aa  191  8e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
255 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
250 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
254 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161777  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
251 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.38 
 
 
250 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
250 aa  188  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2217  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
258 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
250 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  41.22 
 
 
243 aa  187  1e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
257 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
250 aa  186  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.61 
 
 
256 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
254 aa  185  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5514  cyclopentanol dehydrogenase  42.54 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.35 
 
 
252 aa  182  7e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
251 aa  181  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.95 
 
 
256 aa  181  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
248 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
260 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
249 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
251 aa  179  4e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
250 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1576  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
268 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.29701  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
245 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
245 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
245 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0242  Short-chain alcohol dehydrogenase  38.35 
 
 
253 aa  177  2e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
245 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
247 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
262 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
274 aa  176  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
260 aa  176  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
251 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
246 aa  175  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
249 aa  175  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.94 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  44.27 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.49 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
248 aa  172  7.999999999999999e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
252 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.82 
 
 
288 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1174  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
252 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
264 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
265 aa  169  4e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 
261 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
256 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.72 
 
 
255 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
246 aa  168  7e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.85 
 
 
262 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
253 aa  168  9e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
252 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
248 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
255 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
282 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
252 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0671  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.07 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121073  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>