More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2140 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 254 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  66.4 
 
 		 255 aa  326  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 		 264 aa  306  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.4 
 
 		 260 aa  297  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 		 253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 253 aa  208  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 		 253 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 		 252 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 252 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 252 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 252 aa  201  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 253 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 252 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  42 
 
 		 253 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 		 255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 		 253 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 258 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 252 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.68 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 		 255 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 250 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.18 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 252 aa  181  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 250 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 		 251 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 250 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 		 248 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 252 aa  181  1e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 		 264 aa  178  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.43 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 255 aa  178  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.43 
 
 		 246 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 251 aa  177  2e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 		 249 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 247 aa  176  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 252 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  39.69 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 282 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.65 
 
 		 253 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 		 257 aa  171  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 252 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 		 257 aa  171  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 		 257 aa  171  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  171  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  39.76 
 
 		 263 aa  171  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 255 aa  169  5e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.2 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 263 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 263 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 263 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 263 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>