More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4222 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  100 
 
 
257 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.81 
 
 
259 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  72.97 
 
 
259 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
251 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
258 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 
255 aa  185  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  40.55 
 
 
261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.28 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
252 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
253 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
252 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
266 aa  176  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.483374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.91 
 
 
250 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
255 aa  175  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  41.34 
 
 
253 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
253 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  42.23 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
257 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
248 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
250 aa  171  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
255 aa  171  7.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
253 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.74 
 
 
257 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
263 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  42.35 
 
 
254 aa  169  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
250 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
249 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
261 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  169  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
257 aa  168  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  168  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
250 aa  168  9e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
250 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.22 
 
 
258 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
249 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
244 aa  167  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  44 
 
 
251 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
282 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
261 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
254 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.83 
 
 
258 aa  166  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
253 aa  166  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
246 aa  165  5e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
261 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.75 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  41.7 
 
 
248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
255 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.54 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  42.17 
 
 
253 aa  161  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
254 aa  161  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.65 
 
 
262 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
250 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
259 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
250 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
259 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
252 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
252 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
249 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
254 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
249 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
251 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.199701 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
263 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
252 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
264 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>