More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0897 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  550  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216969  normal  0.388897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
260 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
260 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
260 aa  249  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.639731  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
260 aa  249  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
275 aa  249  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0489  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
275 aa  249  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
275 aa  249  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
260 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
250 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
257 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
257 aa  165  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
253 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
256 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
246 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
251 aa  159  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
255 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
252 aa  158  9e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
254 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
256 aa  156  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
252 aa  155  6e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 
257 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.93 
 
 
246 aa  155  8e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.93 
 
 
246 aa  155  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
258 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
257 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
248 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
257 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.31 
 
 
257 aa  153  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
253 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
258 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  35.32 
 
 
277 aa  151  8.999999999999999e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
253 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
250 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
262 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
253 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
246 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
266 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
263 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.57 
 
 
246 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
252 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.21 
 
 
245 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
256 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
249 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.77 
 
 
245 aa  150  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
268 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
255 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
255 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
255 aa  149  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
246 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
258 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
247 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
249 aa  149  6e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.16 
 
 
246 aa  149  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
255 aa  149  7e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
262 aa  148  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  35.16 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.3 
 
 
262 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.98 
 
 
245 aa  146  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
247 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
256 aa  147  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
251 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  36.12 
 
 
255 aa  145  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
247 aa  146  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
256 aa  145  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
251 aa  145  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
252 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
252 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
251 aa  145  6e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
262 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
253 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
250 aa  145  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
299 aa  145  1e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.1 
 
 
248 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
249 aa  145  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
251 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
257 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  38.93 
 
 
261 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
254 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
254 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
249 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
254 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
245 aa  143  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
265 aa  143  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
250 aa  143  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
260 aa  142  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>