More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0113 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
254 aa  228  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.41 
 
 
254 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
254 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
254 aa  223  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  45.38 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.17 
 
 
251 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.4 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
254 aa  203  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
285 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
277 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
251 aa  185  8e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
258 aa  183  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
246 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  180  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
261 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
272 aa  178  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
272 aa  178  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 
257 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
256 aa  176  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
259 aa  175  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
269 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  43.46 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  43.46 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.164277  normal  0.032162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  43.46 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
246 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
250 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
248 aa  171  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.057049  hitchhiker  0.000702749 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
249 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
250 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0628218  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
252 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
246 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
248 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  42.23 
 
 
277 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
244 aa  171  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
245 aa  169  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  169  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  168  7e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
252 aa  168  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
250 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
254 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
249 aa  167  1e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
253 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
245 aa  167  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
247 aa  166  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
256 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
250 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 
257 aa  166  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
246 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
258 aa  166  5e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  42.08 
 
 
255 aa  165  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
255 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.25 
 
 
255 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.46 
 
 
246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.6 
 
 
250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.68 
 
 
246 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
254 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.06 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.7 
 
 
245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.27 
 
 
250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0124  acetoin reductase  39.39 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172897  normal  0.526201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
262 aa  162  7e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 
265 aa  161  9e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
261 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
257 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
249 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
248 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  40.38 
 
 
257 aa  161  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
256 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
248 aa  161  1e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
260 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
254 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
256 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
266 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
286 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>