More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0548 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.92 
 
 
261 aa  361  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.69 
 
 
261 aa  357  9e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.92 
 
 
261 aa  355  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  65.77 
 
 
261 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
281 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
276 aa  281  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
265 aa  280  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.159524  normal  0.273576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.64 
 
 
267 aa  261  6.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03690  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  46.45 
 
 
331 aa  226  3e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.308331  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00574  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (AFU_orthologue; AFUA_6G11210)  57.5 
 
 
287 aa  219  5e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.098237 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.43 
 
 
246 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.03 
 
 
246 aa  194  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.19 
 
 
244 aa  191  1e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
256 aa  190  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
250 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
282 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
248 aa  185  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
251 aa  184  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
246 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
254 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
257 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
252 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
287 aa  182  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
253 aa  182  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
263 aa  181  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
254 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
254 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 
254 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
249 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  42.97 
 
 
257 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
262 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
254 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
246 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
265 aa  178  7e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.62 
 
 
259 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
255 aa  176  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
259 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.02 
 
 
249 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.23 
 
 
239 aa  176  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  175  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  39.62 
 
 
272 aa  174  9e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.94 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
263 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
269 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.13 
 
 
256 aa  171  9e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
257 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
245 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
258 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.04 
 
 
262 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.27 
 
 
246 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
295 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  42.11 
 
 
266 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
248 aa  170  2e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
267 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
245 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
254 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
258 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  44 
 
 
257 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0598  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
247 aa  168  7e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
244 aa  168  7e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
254 aa  168  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.7 
 
 
247 aa  168  8e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.7 
 
 
247 aa  168  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
254 aa  168  8e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
255 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
247 aa  168  9e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
253 aa  168  9e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
250 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
250 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
251 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
268 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
257 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 
255 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  37.6 
 
 
255 aa  168  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
262 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
262 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>