More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3787 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
169 aa  336  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19741  normal  0.511664 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.73 
 
 
255 aa  288  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35480  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.2 
 
 
208 aa  192  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.41 
 
 
255 aa  190  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
255 aa  190  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 
255 aa  188  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
255 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  60.13 
 
 
253 aa  169  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  58.44 
 
 
251 aa  155  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
257 aa  147  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.05 
 
 
253 aa  134  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.44 
 
 
251 aa  133  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
256 aa  133  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.72 
 
 
252 aa  132  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
248 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 
253 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
282 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  46.79 
 
 
256 aa  127  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  43.21 
 
 
253 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 
253 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.95 
 
 
258 aa  125  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  44.03 
 
 
253 aa  125  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  43.21 
 
 
253 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  43.4 
 
 
253 aa  124  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  42.59 
 
 
253 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.4 
 
 
253 aa  121  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 
251 aa  120  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
258 aa  120  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.79 
 
 
255 aa  119  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.99 
 
 
249 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.68 
 
 
262 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
250 aa  115  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
256 aa  114  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
253 aa  114  6e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
258 aa  114  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
251 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
251 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
253 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.77 
 
 
246 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.79 
 
 
256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.31 
 
 
252 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
252 aa  110  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03260  conserved hypothetical protein  42.04 
 
 
554 aa  110  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  42.04 
 
 
255 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 
250 aa  109  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
248 aa  109  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
254 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.13 
 
 
260 aa  108  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
252 aa  108  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3769  hypothetical protein  40.97 
 
 
440 aa  108  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.96163  normal  0.0729973 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
258 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.73 
 
 
272 aa  108  5e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0640347  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
252 aa  108  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  107  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.57 
 
 
246 aa  107  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
258 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
258 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
256 aa  107  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
250 aa  107  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
252 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
252 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
252 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 
258 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 
253 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
252 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
252 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.96 
 
 
246 aa  105  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
254 aa  105  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
250 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
267 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 
252 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
255 aa  104  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
252 aa  104  6e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
255 aa  104  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
255 aa  104  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
265 aa  104  7e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.14 
 
 
253 aa  103  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
257 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
262 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
248 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
263 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
253 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.14 
 
 
261 aa  102  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41710  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.14 
 
 
264 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.82 
 
 
246 aa  102  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
252 aa  102  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
261 aa  102  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 
251 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.82 
 
 
246 aa  102  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.82 
 
 
246 aa  101  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.82 
 
 
246 aa  101  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
263 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.14 
 
 
266 aa  101  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
252 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
263 aa  101  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  101  6e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10280  putative short-chain dehydrogenase  42.41 
 
 
266 aa  101  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  39.35 
 
 
255 aa  101  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
254 aa  101  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>