More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3480 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
281 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.44 
 
 
261 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.91 
 
 
261 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.91 
 
 
261 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  82.38 
 
 
261 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
261 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
267 aa  288  8e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.14 
 
 
276 aa  282  4.0000000000000003e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.64 
 
 
265 aa  263  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.159524  normal  0.273576 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03690  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  47.02 
 
 
331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.308331  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00574  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (AFU_orthologue; AFUA_6G11210)  52.97 
 
 
287 aa  204  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.098237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
282 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.03 
 
 
246 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
249 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.63 
 
 
246 aa  178  8e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
255 aa  176  6e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
259 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
252 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  40.73 
 
 
256 aa  170  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
246 aa  169  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.58 
 
 
259 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
255 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
250 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
287 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  37.3 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
253 aa  165  9e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
254 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
254 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.23 
 
 
249 aa  162  6e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.71 
 
 
252 aa  162  7e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  161  9e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
251 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.55 
 
 
246 aa  160  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
245 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
262 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
257 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
254 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  35.86 
 
 
247 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
245 aa  160  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
251 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.55 
 
 
246 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
254 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
246 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
267 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.08 
 
 
262 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  36.54 
 
 
272 aa  158  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
246 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
239 aa  157  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  35.46 
 
 
247 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
265 aa  157  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
258 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
268 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 
256 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.82 
 
 
255 aa  156  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
269 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
252 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  36.3 
 
 
266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  38.4 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
257 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
258 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
254 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
269 aa  154  1e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
248 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.14 
 
 
255 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
253 aa  153  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
247 aa  152  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
254 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
254 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
247 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
272 aa  152  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
251 aa  152  8e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
251 aa  152  8e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
252 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.11 
 
 
250 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
260 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
254 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
250 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
259 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
268 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651686  normal  0.848972 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
250 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
295 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>