More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3707 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.4 
 
 
261 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.19 
 
 
261 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  83.91 
 
 
261 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.91 
 
 
281 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.92 
 
 
261 aa  355  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.22 
 
 
276 aa  285  4e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.59 
 
 
267 aa  282  3.0000000000000004e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
265 aa  259  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.159524  normal  0.273576 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03690  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  47.39 
 
 
331 aa  219  3e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.308331  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00574  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (AFU_orthologue; AFUA_6G11210)  53.73 
 
 
287 aa  206  3e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.098237 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
256 aa  188  9e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
246 aa  178  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
246 aa  178  9e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
259 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
249 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
248 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.19 
 
 
259 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.84 
 
 
256 aa  175  6e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
244 aa  175  7e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
250 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
265 aa  167  1e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  37.3 
 
 
257 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
245 aa  166  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
253 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
257 aa  165  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
246 aa  163  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
252 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
251 aa  162  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  37.45 
 
 
255 aa  162  7e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
252 aa  161  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
251 aa  161  9e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
262 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
246 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
249 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
245 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
257 aa  160  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
252 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
253 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
267 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
262 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.04 
 
 
262 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
255 aa  159  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.25 
 
 
247 aa  159  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
254 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
254 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 
252 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.08 
 
 
255 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
263 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
257 aa  158  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
253 aa  158  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
258 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  35.86 
 
 
247 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.19 
 
 
257 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
254 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575966  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.28 
 
 
249 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
287 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
258 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
256 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
252 aa  155  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  155  7e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
251 aa  155  8e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  155  9e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
258 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
246 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
267 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
263 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.86 
 
 
255 aa  154  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
249 aa  154  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
263 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
269 aa  154  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
253 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
246 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
268 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
256 aa  152  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  35.38 
 
 
272 aa  152  5e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
260 aa  152  7e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>