More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3288 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  531  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.69 
 
 
258 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.98 
 
 
259 aa  280  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.46 
 
 
261 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.67 
 
 
260 aa  256  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
251 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
251 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
248 aa  228  8e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  225  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
248 aa  225  7e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
260 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
245 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
249 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
244 aa  209  4e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
244 aa  206  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
253 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  49.8 
 
 
260 aa  204  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.52 
 
 
176 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.406205  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.694744  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
248 aa  196  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
251 aa  195  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
248 aa  193  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000504993 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
250 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.540282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
245 aa  180  2e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 
256 aa  179  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
252 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.65 
 
 
247 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
250 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
255 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
251 aa  175  8e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  39.2 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.76 
 
 
249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 
246 aa  172  5e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
256 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  42.48 
 
 
282 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  39.38 
 
 
269 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
268 aa  169  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
263 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
252 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  41.37 
 
 
251 aa  169  6e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
254 aa  169  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
254 aa  168  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
245 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
269 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
246 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.86 
 
 
259 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  40.15 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  39 
 
 
269 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
270 aa  165  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
261 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
261 aa  165  8e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
274 aa  165  9e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
282 aa  165  9e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.5 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0671  putative short-chain dehydrogenase/reductase  44.06 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121073  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1627  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4933  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.545921 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2511  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0283  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.879782  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2649  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0246  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
265 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0943  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
265 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1430  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
265 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
276 aa  163  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
259 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
267 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
282 aa  162  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
250 aa  161  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>