More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4012 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  558  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.15 
 
 
281 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.69 
 
 
275 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.710224  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.48 
 
 
287 aa  315  4e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.06 
 
 
275 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.43455 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
276 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0194596  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 
272 aa  291  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
275 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.68 
 
 
267 aa  245  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  46.42 
 
 
291 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  45.85 
 
 
281 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
258 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
257 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
245 aa  159  5e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
272 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.66 
 
 
245 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
245 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  36.8 
 
 
265 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 
260 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
259 aa  155  8e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
255 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
255 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.43 
 
 
245 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
275 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.591331  normal  0.119727 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  39.27 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
247 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
253 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
251 aa  151  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  38.4 
 
 
250 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
254 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
256 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
254 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
269 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
249 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
260 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.14 
 
 
250 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
278 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.63 
 
 
244 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
255 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
246 aa  148  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
245 aa  149  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
245 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
246 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
267 aa  148  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
253 aa  148  9e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
254 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
253 aa  148  9e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.63 
 
 
255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.59 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0509  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.92 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.45 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
250 aa  146  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
254 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.02 
 
 
245 aa  146  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
254 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
257 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
248 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.961994  normal  0.547574 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
260 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  34.27 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
250 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
251 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
266 aa  145  5e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  145  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
250 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
246 aa  145  6e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.66 
 
 
248 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
246 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
265 aa  145  8.000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
246 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
260 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
285 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
255 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2468  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.26 
 
 
256 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000411328  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  38.19 
 
 
257 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
260 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
271 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
251 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  36.65 
 
 
261 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>