More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3809 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 
241 aa  487  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  97.1 
 
 
272 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  87.55 
 
 
255 aa  434  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  84.94 
 
 
257 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  85 
 
 
257 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  84.94 
 
 
257 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  84.1 
 
 
257 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  76.99 
 
 
258 aa  380  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  74.48 
 
 
260 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  76.15 
 
 
255 aa  353  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  75.31 
 
 
255 aa  344  6e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
262 aa  268  5e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
254 aa  261  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 
256 aa  259  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
255 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
249 aa  238  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  53.28 
 
 
252 aa  236  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.43 
 
 
249 aa  232  3e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
255 aa  227  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
267 aa  226  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.563109 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
249 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.675189  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1364  putative glucose/ribitol dehydrogenase  51.42 
 
 
257 aa  221  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.333439999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03085  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  49.8 
 
 
250 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
254 aa  198  6e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
252 aa  197  9e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.16 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.53 
 
 
306 aa  195  6e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
255 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
235 aa  187  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.313186  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.9 
 
 
302 aa  187  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
264 aa  180  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0904  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.49 
 
 
256 aa  179  4e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0926  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.49 
 
 
256 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
249 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 
225 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1912  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.387305  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
247 aa  161  9e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
249 aa  150  1e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.879762  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
241 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.40468  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05160  oxidoreductase  34.55 
 
 
241 aa  148  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.58 
 
 
246 aa  142  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.17 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.71 
 
 
266 aa  138  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.34 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
261 aa  137  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
261 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
252 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
246 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
251 aa  134  9e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
272 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
265 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  38 
 
 
251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
251 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
268 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  38.75 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.86 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.59 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.45 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
262 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
269 aa  129  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1784  putative oxidoreductase  39.39 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  36.03 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  35.63 
 
 
245 aa  126  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
253 aa  126  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
249 aa  126  3e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
262 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.58 
 
 
246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  36.73 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  35.63 
 
 
245 aa  125  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.65 
 
 
246 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
262 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.39 
 
 
246 aa  125  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
250 aa  125  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.05 
 
 
247 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  35.22 
 
 
256 aa  124  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
259 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>