More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1912 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1912  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  490  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.387305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.39 
 
 
262 aa  231  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
256 aa  224  9e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.55 
 
 
254 aa  222  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
255 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  53.01 
 
 
257 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  51 
 
 
260 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
249 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  52.61 
 
 
257 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  52.21 
 
 
257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  52.21 
 
 
257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  52.57 
 
 
255 aa  215  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1364  putative glucose/ribitol dehydrogenase  52.44 
 
 
257 aa  215  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.333439999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  50 
 
 
258 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  49.8 
 
 
272 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  50.8 
 
 
252 aa  201  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
249 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.98 
 
 
241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.84 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.313186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  50.6 
 
 
255 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  51.39 
 
 
255 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.78 
 
 
249 aa  187  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
249 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.675189  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.84 
 
 
299 aa  180  1e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
267 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.563109 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
252 aa  177  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.42 
 
 
306 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.25 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0904  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.54 
 
 
256 aa  169  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0926  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.54 
 
 
256 aa  169  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.25 
 
 
255 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
225 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03085  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  46.64 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
254 aa  163  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  142  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.879762  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05160  oxidoreductase  33.6 
 
 
241 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
247 aa  141  8e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  38.49 
 
 
257 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.37 
 
 
250 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.67 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.02 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.40468  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
252 aa  129  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000526062 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1837  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
268 aa  125  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
261 aa  125  5e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
240 aa  125  6e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
247 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
247 aa  123  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
255 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
247 aa  123  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.513657  normal  0.265032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
255 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
247 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
268 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1415  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
248 aa  122  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.949681  normal  0.622645 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
249 aa  122  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.02 
 
 
249 aa  121  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
264 aa  121  9e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.111652 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0609  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.22 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000540972 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1052  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.595942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
254 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
249 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.14 
 
 
246 aa  119  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.37 
 
 
249 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
282 aa  119  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
246 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
253 aa  119  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0982  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4085  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0999  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
261 aa  119  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0638  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.09 
 
 
249 aa  119  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.326259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
248 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>