More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4070 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0214725  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  37.02 
 
 
269 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
260 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
254 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
253 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
250 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
256 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  37.6 
 
 
266 aa  149  5e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  40.71 
 
 
258 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
254 aa  148  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  148  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
263 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  39.22 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  41.22 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  41.22 
 
 
257 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
247 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  40.82 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
245 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  41.63 
 
 
257 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
249 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
248 aa  143  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
276 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
262 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
246 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
260 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
268 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.271129  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  42.57 
 
 
261 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
277 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  37.31 
 
 
255 aa  142  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
252 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
264 aa  142  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 
256 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
252 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
251 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
252 aa  141  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.06 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  41.46 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3886  Beta-ketoacyl synthase  40.96 
 
 
2014 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.190721 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.2 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.06 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
248 aa  140  3e-32  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
246 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
246 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
255 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.65 
 
 
250 aa  139  7e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.04 
 
 
249 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
256 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.35 
 
 
248 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
262 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
252 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
246 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
256 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
262 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
250 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
269 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6964  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.32 
 
 
259 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.175664  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
252 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
251 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  41.02 
 
 
261 aa  136  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  43.03 
 
 
249 aa  136  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
270 aa  136  4e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
257 aa  136  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
255 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
255 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1800  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2851  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238755  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2477  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>