More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2862 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 255 aa  524  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  72.51 
 
 		 254 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  72.11 
 
 		 254 aa  381  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  72.91 
 
 		 254 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  72.51 
 
 		 260 aa  380  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 		 254 aa  377  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  72.51 
 
 		 254 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  72.91 
 
 		 254 aa  377  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 		 254 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 		 254 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 		 254 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  70.92 
 
 		 254 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  70.92 
 
 		 254 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  68.8 
 
 		 253 aa  363  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  70.4 
 
 		 253 aa  362  3e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  69.2 
 
 		 253 aa  362  4e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  69.49 
 
 		 254 aa  348  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  65.61 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  64.43 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  64.82 
 
 		 255 aa  340  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  64.03 
 
 		 255 aa  339  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  62.7 
 
 		 256 aa  338  5e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  64.03 
 
 		 255 aa  338  5e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  64.82 
 
 		 255 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  64.03 
 
 		 255 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  64.82 
 
 		 255 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  64.82 
 
 		 255 aa  337  8e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  64.68 
 
 		 255 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  61.9 
 
 		 256 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  61.11 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 256 aa  308  5e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  58.7 
 
 		 252 aa  291  6e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 		 257 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 257 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  42.34 
 
 		 257 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 262 aa  199  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 254 aa  188  7e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.11 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 255 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.62 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 255 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 		 255 aa  171  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  41.57 
 
 		 259 aa  169  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.61 
 
 		 250 aa  169  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 		 248 aa  169  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 251 aa  168  6e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 252 aa  168  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 260 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 252 aa  168  9e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 		 256 aa  166  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 255 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 274 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 		 256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429161  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 256 aa  161  8.000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0123285 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 		 246 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.108685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>