More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1993 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1993  short chain dehydrogenase  100 
 
 
260 aa  528  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.38 
 
 
261 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4015  short chain dehydrogenase  68.34 
 
 
259 aa  361  6e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.553576  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5643  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
262 aa  360  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2740  short chain dehydrogenase  64.62 
 
 
262 aa  352  2e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.046244  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3136  short chain dehydrogenase  57.69 
 
 
258 aa  298  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0623  short chain dehydrogenase  56.54 
 
 
258 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4968  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
258 aa  291  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4448  short chain dehydrogenase  57.92 
 
 
258 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3327  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 
258 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5040  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 
258 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.719425  normal  0.369966 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5244  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
258 aa  284  9e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.900169 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0642  short chain dehydrogenase  54.62 
 
 
258 aa  280  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.282572  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5322  short chain dehydrogenase  58.08 
 
 
258 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1602  short chain dehydrogenase  56.54 
 
 
258 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1782  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
258 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1162  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
258 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0820  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
258 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1085  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
258 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3598  short chain dehydrogenase  55.6 
 
 
258 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0644  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 
280 aa  269  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2378  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 
280 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.594713  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0877  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
257 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4118  short chain dehydrogenase  50 
 
 
265 aa  248  5e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1065  short chain dehydrogenase  50.97 
 
 
258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0617458  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1855  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 
250 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.555083  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0535  short chain dehydrogenase  45 
 
 
262 aa  227  1e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1449  short chain dehydrogenase  44.23 
 
 
262 aa  223  2e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5249  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
318 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.109132  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
317 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 
249 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
255 aa  142  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.71 
 
 
272 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
246 aa  141  9e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
251 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
285 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
251 aa  135  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.92 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  33.73 
 
 
286 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
251 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
253 aa  133  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
297 aa  133  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
253 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.92 
 
 
246 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
284 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.37 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
288 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  34.94 
 
 
286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
285 aa  128  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
287 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.13 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  36 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.02 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  36 
 
 
288 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.04 
 
 
257 aa  126  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  126  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
288 aa  126  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11020  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.46 
 
 
249 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2292  short-chain dehydrogenase/reductase, oxidoreductase  33.6 
 
 
291 aa  125  5e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.253121  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
253 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
252 aa  125  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
285 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
255 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  125  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
249 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
288 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
258 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>