More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5297 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  100 
 
 
317 aa  653    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5249  short chain dehydrogenase  84.03 
 
 
318 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.109132  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  65.06 
 
 
334 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1817  short chain dehydrogenase  65.71 
 
 
337 aa  391  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1207  short chain dehydrogenase  58.41 
 
 
337 aa  391  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  63.44 
 
 
291 aa  390  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
368 aa  378  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.521735  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.36 
 
 
301 aa  331  9e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.88 
 
 
285 aa  321  9.000000000000001e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
285 aa  319  3.9999999999999996e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
287 aa  318  7e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  55.04 
 
 
286 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.55 
 
 
284 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.91 
 
 
287 aa  312  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.71 
 
 
284 aa  304  1.0000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.78 
 
 
285 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.27 
 
 
288 aa  301  8.000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  53.45 
 
 
288 aa  300  2e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  299  4e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  52.73 
 
 
288 aa  298  6e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  298  1e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  298  1e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  298  1e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  298  1e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  52.73 
 
 
288 aa  297  2e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  297  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
297 aa  295  6e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
306 aa  294  1e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  52 
 
 
288 aa  293  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
285 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  51.64 
 
 
288 aa  293  3e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
285 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
286 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27180  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.65 
 
 
281 aa  291  1e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  51.64 
 
 
286 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
285 aa  289  4e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2925  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.27 
 
 
296 aa  289  5.0000000000000004e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
285 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.95 
 
 
283 aa  288  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.33 
 
 
286 aa  288  9e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 
286 aa  287  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.45 
 
 
293 aa  287  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
291 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.608035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 
285 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.38 
 
 
285 aa  285  5.999999999999999e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716847  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.38 
 
 
285 aa  285  5.999999999999999e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.110576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.1 
 
 
285 aa  285  8e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.16 
 
 
288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 
285 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.75 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.89 
 
 
286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.957314  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
298 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.55 
 
 
284 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.847413  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.08 
 
 
284 aa  282  7.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
282 aa  281  8.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2292  short-chain dehydrogenase/reductase, oxidoreductase  51.28 
 
 
291 aa  281  9e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.253121  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
285 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
285 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
286 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
285 aa  279  5e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.47 
 
 
287 aa  278  6e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.259282  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.93 
 
 
285 aa  278  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
284 aa  278  9e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.54 
 
 
285 aa  278  9e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
285 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  50 
 
 
285 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.71 
 
 
298 aa  277  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.88 
 
 
284 aa  277  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
296 aa  276  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
293 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
284 aa  275  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 
286 aa  275  8e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
282 aa  275  8e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.144902 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.55 
 
 
295 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
288 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
339 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
311 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
283 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.623157  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 
293 aa  273  3e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
285 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  normal  0.0427159 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
285 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11398  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
295 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.3 
 
 
295 aa  272  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.75 
 
 
286 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.7 
 
 
285 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
301 aa  269  5e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.75 
 
 
285 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
337 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
286 aa  268  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.75 
 
 
298 aa  268  8e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
288 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.22 
 
 
304 aa  268  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>