More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3136 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3136  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1162  short chain dehydrogenase  74.42 
 
 
258 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1602  short chain dehydrogenase  74.03 
 
 
258 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0820  short chain dehydrogenase  74.42 
 
 
258 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1085  short chain dehydrogenase  74.42 
 
 
258 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1782  short chain dehydrogenase  74.42 
 
 
258 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0644  short chain dehydrogenase  74.03 
 
 
280 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2378  short chain dehydrogenase  74.03 
 
 
280 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.594713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0623  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 
258 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5244  short chain dehydrogenase  71.32 
 
 
258 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.900169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3327  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 
258 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5322  short chain dehydrogenase  72.48 
 
 
258 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5040  short chain dehydrogenase  71.71 
 
 
258 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.719425  normal  0.369966 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4968  short chain dehydrogenase  70.82 
 
 
258 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4448  short chain dehydrogenase  71.98 
 
 
258 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3598  short chain dehydrogenase  69.65 
 
 
258 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0642  short chain dehydrogenase  62.4 
 
 
258 aa  338  5e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.282572  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0877  short chain dehydrogenase  58.37 
 
 
257 aa  305  7e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4015  short chain dehydrogenase  59.85 
 
 
259 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.553576  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.69 
 
 
261 aa  299  3e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1993  short chain dehydrogenase  57.69 
 
 
260 aa  298  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5643  short chain dehydrogenase  58.08 
 
 
262 aa  298  8e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2740  short chain dehydrogenase  54.62 
 
 
262 aa  292  5e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.046244  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1065  short chain dehydrogenase  56.2 
 
 
258 aa  280  2e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0617458  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1855  short chain dehydrogenase  54.2 
 
 
250 aa  268  5e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.555083  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0535  short chain dehydrogenase  48.65 
 
 
262 aa  263  3e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1449  short chain dehydrogenase  48.26 
 
 
262 aa  259  3e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4118  short chain dehydrogenase  46.92 
 
 
265 aa  254  7e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
255 aa  146  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
317 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2292  short-chain dehydrogenase/reductase, oxidoreductase  33.07 
 
 
291 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.253121  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
258 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
259 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
246 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
251 aa  128  8.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.06 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.46 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.91 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
254 aa  125  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
292 aa  125  6e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.907948  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.66 
 
 
246 aa  125  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
247 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
249 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
247 aa  124  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
251 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
247 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.33 
 
 
272 aa  122  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
239 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
249 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
246 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  33.73 
 
 
257 aa  122  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
287 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  33.85 
 
 
269 aa  122  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
301 aa  122  8e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
253 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.847413  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
249 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
249 aa  119  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0870  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.94 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
291 aa  119  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
253 aa  118  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  33.88 
 
 
256 aa  118  7e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  32.67 
 
 
248 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
258 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
248 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.14 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
288 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.99 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
269 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.42 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
239 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
282 aa  115  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>