More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2718 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  518  1e-146  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
246 aa  165  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
256 aa  161  8.000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4968  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
258 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0623  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
258 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
262 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
247 aa  159  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
249 aa  159  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4448  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
258 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.83 
 
 
246 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
244 aa  157  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2740  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
262 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.046244  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5643  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
262 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
258 aa  157  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1953  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.02 
 
 
269 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660502  hitchhiker  0.0000443121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
263 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0053445  hitchhiker  0.00000000168997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
252 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
266 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
254 aa  156  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
259 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3327  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
258 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5244  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 
258 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.900169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5040  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
258 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.719425  normal  0.369966 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
243 aa  155  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
261 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
270 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.52 
 
 
250 aa  153  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
272 aa  152  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
251 aa  152  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.9 
 
 
252 aa  151  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
244 aa  151  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.3 
 
 
256 aa  150  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
267 aa  150  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
258 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
252 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.11 
 
 
252 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.55 
 
 
247 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
255 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
251 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 
255 aa  149  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
247 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
251 aa  149  6e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
272 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
272 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3598  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
263 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3136  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
258 aa  146  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
247 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  32.94 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.01 
 
 
246 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
263 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  32.94 
 
 
247 aa  145  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
252 aa  145  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
251 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
255 aa  144  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.67 
 
 
246 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
264 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0298  sorbitol dehydrogenase  36.72 
 
 
262 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514875  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4015  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  143  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.553576  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
244 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
246 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
266 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
257 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
268 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.92 
 
 
247 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
266 aa  143  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000526062 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
249 aa  143  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
251 aa  143  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
251 aa  143  3e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.87 
 
 
246 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
285 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
244 aa  142  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  33.85 
 
 
254 aa  142  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
255 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0509  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
245 aa  142  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1993  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
260 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
250 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
282 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
245 aa  142  7e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>