More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5643 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5643  short chain dehydrogenase  100 
 
 
262 aa  530  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.633218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4015  short chain dehydrogenase  76.06 
 
 
259 aa  409  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.553576  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.8 
 
 
261 aa  400  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2740  short chain dehydrogenase  71.76 
 
 
262 aa  400  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.046244  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1993  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
260 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3136  short chain dehydrogenase  58.08 
 
 
258 aa  298  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0623  short chain dehydrogenase  55.38 
 
 
258 aa  294  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3327  short chain dehydrogenase  55.38 
 
 
258 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5040  short chain dehydrogenase  55.38 
 
 
258 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.719425  normal  0.369966 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5244  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 
258 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.900169 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4448  short chain dehydrogenase  56.37 
 
 
258 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4968  short chain dehydrogenase  55.98 
 
 
258 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0642  short chain dehydrogenase  56.37 
 
 
258 aa  286  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.282572  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4118  short chain dehydrogenase  54.17 
 
 
265 aa  286  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3598  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
258 aa  279  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1602  short chain dehydrogenase  57.92 
 
 
258 aa  279  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5322  short chain dehydrogenase  57.53 
 
 
258 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1782  short chain dehydrogenase  56.76 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0877  short chain dehydrogenase  55.21 
 
 
257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1085  short chain dehydrogenase  56.76 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0820  short chain dehydrogenase  56.76 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1162  short chain dehydrogenase  57.58 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0644  short chain dehydrogenase  56.37 
 
 
280 aa  272  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2378  short chain dehydrogenase  56.37 
 
 
280 aa  272  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.594713  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1065  short chain dehydrogenase  54.83 
 
 
258 aa  256  2e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0617458  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0535  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 
262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1449  short chain dehydrogenase  50 
 
 
262 aa  248  1e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1855  short chain dehydrogenase  50.38 
 
 
250 aa  238  5e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.555083  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
255 aa  157  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
249 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0053445  hitchhiker  0.00000000168997 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
253 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
262 aa  132  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.869283 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
252 aa  130  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
258 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2292  short-chain dehydrogenase/reductase, oxidoreductase  34.9 
 
 
291 aa  128  8.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.253121  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0701  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555171 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
258 aa  126  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
251 aa  126  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
287 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
247 aa  125  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.45 
 
 
272 aa  125  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
262 aa  125  6e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.143414  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
247 aa  125  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
253 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
285 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
244 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
257 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4347  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.97 
 
 
247 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.296553  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  33.98 
 
 
259 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
284 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
256 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.19 
 
 
246 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.24 
 
 
262 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
257 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
239 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.99 
 
 
249 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
247 aa  122  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5249  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
318 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.109132  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  35.92 
 
 
262 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
246 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
262 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
262 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
262 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
284 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
251 aa  122  8e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
251 aa  122  8e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
246 aa  121  9e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1744  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
245 aa  122  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.41 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.14 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.623157  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.04 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  30.3 
 
 
262 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
244 aa  119  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
258 aa  120  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11468  acetoin(diacetyl)reductase  36.25 
 
 
254 aa  120  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0328388  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
254 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11020  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
253 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.08 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>