More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2893 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  504  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.73 
 
 
255 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
256 aa  309  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 
252 aa  279  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
249 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
249 aa  218  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
250 aa  211  7e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
244 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
244 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
249 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
250 aa  210  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
249 aa  208  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
244 aa  207  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
254 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
254 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
249 aa  203  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
254 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
251 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
248 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
248 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
254 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
250 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
248 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
249 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
247 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
260 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
263 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
252 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  184  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
244 aa  184  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
249 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
252 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
249 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  178  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
249 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
249 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.4 
 
 
251 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
242 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
246 aa  176  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  41.6 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
244 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
248 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
244 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
258 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
244 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3998  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
253 aa  168  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0380  ATPase  38.89 
 
 
246 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.647768 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4111  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
253 aa  168  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.173439 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
249 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
243 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
249 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
244 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
249 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
244 aa  164  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
280 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
249 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
280 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
247 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466284  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
249 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
249 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.75 
 
 
243 aa  158  8e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
250 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
248 aa  157  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
245 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0218272  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
250 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
258 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
248 aa  155  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>