More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0385 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  488  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.67 
 
 
244 aa  469  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.8 
 
 
244 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.54 
 
 
244 aa  347  1e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
249 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
249 aa  278  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
246 aa  278  5e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
250 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
244 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
250 aa  274  9e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
244 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.33 
 
 
244 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
244 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
244 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.69 
 
 
244 aa  271  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
250 aa  269  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  53.69 
 
 
244 aa  269  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
248 aa  268  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.76 
 
 
251 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
244 aa  265  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
254 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
254 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
249 aa  263  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
254 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
254 aa  255  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  255  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  255  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
249 aa  255  5e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
254 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
254 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
260 aa  254  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 
243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
249 aa  249  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
252 aa  248  5e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
256 aa  248  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
244 aa  247  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.2 
 
 
253 aa  242  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
242 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 
249 aa  231  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
245 aa  230  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
249 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
249 aa  222  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
248 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
245 aa  221  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0218272  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
249 aa  221  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
249 aa  221  8e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
249 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
252 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
243 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
255 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.16 
 
 
251 aa  205  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
247 aa  205  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
244 aa  204  7e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
250 aa  204  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
249 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
249 aa  203  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
248 aa  198  6e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
258 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
255 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
258 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
257 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  45.12 
 
 
260 aa  191  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
250 aa  190  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
256 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 
249 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
250 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
252 aa  185  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
250 aa  181  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.991587  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
247 aa  181  9.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
246 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 
245 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.67 
 
 
183 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  40 
 
 
250 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
249 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
248 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
248 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  40 
 
 
250 aa  176  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
247 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.170214  normal  0.189904 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
258 aa  176  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
249 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
250 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1689  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.48 
 
 
202 aa  175  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
249 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
251 aa  175  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
249 aa  174  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
248 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
248 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
248 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>