More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2766 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  480  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  90.98 
 
 
244 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.75 
 
 
244 aa  431  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.93 
 
 
244 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.52 
 
 
244 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.34 
 
 
244 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.11 
 
 
244 aa  428  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.07 
 
 
244 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.16 
 
 
244 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 
244 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
244 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
249 aa  271  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
244 aa  264  8e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
248 aa  262  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
251 aa  258  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
244 aa  255  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
249 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
249 aa  243  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  240  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 
250 aa  237  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
250 aa  235  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
246 aa  229  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.39 
 
 
254 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
260 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
250 aa  225  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
254 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 
244 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
249 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
249 aa  216  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
256 aa  210  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
243 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
244 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
242 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
249 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
249 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
243 aa  192  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  189  5e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
252 aa  188  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
252 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
259 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
249 aa  181  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
250 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
249 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
245 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0218272  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
243 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
258 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
258 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
248 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
257 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.37 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
263 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
250 aa  172  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
250 aa  171  7.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  44.08 
 
 
251 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
248 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
248 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
247 aa  168  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
249 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
255 aa  166  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
248 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
248 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  43.03 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
250 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
249 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
249 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
250 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0380  ATPase  41.7 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.647768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 
250 aa  160  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
246 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
249 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
249 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
257 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  0.0943454 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
183 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1689  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
202 aa  155  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  40.41 
 
 
249 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  40 
 
 
245 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
249 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
246 aa  154  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
256 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
250 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
258 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>