More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1759 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  499  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
250 aa  225  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
249 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
250 aa  206  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
249 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.9 
 
 
251 aa  195  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
250 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
245 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
251 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
248 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
246 aa  192  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
250 aa  191  9e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
249 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
249 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
248 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
248 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
252 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
248 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
244 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
244 aa  185  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
250 aa  185  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
244 aa  184  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  40.33 
 
 
250 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
249 aa  181  8.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
246 aa  181  9.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
248 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
247 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
247 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466284  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
249 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
254 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
254 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
248 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  39.09 
 
 
248 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
255 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
249 aa  179  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  40.74 
 
 
260 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
248 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
258 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  39.09 
 
 
250 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
244 aa  177  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
252 aa  177  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
250 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
254 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
249 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
250 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
257 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 
247 aa  176  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
249 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  39.09 
 
 
249 aa  176  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
249 aa  174  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
243 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
244 aa  172  6.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
249 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
250 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
247 aa  168  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.991587  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
249 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
249 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
249 aa  168  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
250 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.170214  normal  0.189904 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
244 aa  162  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
249 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09158  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01040)  41.74 
 
 
251 aa  160  2e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
262 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
260 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
253 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
251 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
249 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
258 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
256 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 
249 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 
249 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 
255 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
243 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
253 aa  155  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
257 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
266 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
251 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>