More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5539 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.67 
 
 
244 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.26 
 
 
244 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.39 
 
 
244 aa  447  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  92.21 
 
 
244 aa  447  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.57 
 
 
244 aa  441  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.98 
 
 
244 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.11 
 
 
244 aa  428  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.52 
 
 
244 aa  401  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
244 aa  290  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.69 
 
 
244 aa  271  6e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
244 aa  263  3e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
249 aa  261  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
248 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
244 aa  256  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
251 aa  254  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
249 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
249 aa  241  6e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
254 aa  241  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
250 aa  238  5.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
250 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
254 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
254 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
254 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
254 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
254 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
253 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
252 aa  230  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
250 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
254 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
254 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
260 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.45 
 
 
245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
249 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
244 aa  206  3e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
249 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
249 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
243 aa  194  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
249 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
247 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
252 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.79 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
252 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
258 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.899344  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
258 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
243 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  44.26 
 
 
260 aa  176  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
257 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
248 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
250 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
258 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0218272  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.46 
 
 
251 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
248 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
249 aa  169  5e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
263 aa  168  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
248 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
255 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
248 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
251 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
249 aa  164  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
247 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
249 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
249 aa  161  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 
250 aa  161  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
257 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  0.0943454 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
249 aa  161  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
250 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
243 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0380  ATPase  41.46 
 
 
246 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.647768 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
256 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
250 aa  158  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
252 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
248 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
250 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
249 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
255 aa  155  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
246 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
246 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
249 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
249 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
183 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09158  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01040)  39.04 
 
 
251 aa  150  1e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
258 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
245 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
249 aa  149  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>