More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1239 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  504  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.62 
 
 
362 aa  350  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
260 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
260 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
259 aa  172  5.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
258 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
261 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
261 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
262 aa  167  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
265 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
265 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
265 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
265 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  39.46 
 
 
265 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
267 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0822  short chain dehydrogenase  43.13 
 
 
262 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00305292  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
265 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
265 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 
268 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
263 aa  159  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2499  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1312  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.445214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3688  short chain dehydrogenase  39.54 
 
 
265 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.332248  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1239  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0590  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155951  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1331  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0977  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0314  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
265 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  37.79 
 
 
264 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
231 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
259 aa  154  2e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1496  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
256 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.36 
 
 
286 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
260 aa  149  4e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4505  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
269 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15196  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4637  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
269 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0597104  normal  0.0798604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.58 
 
 
268 aa  148  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
261 aa  148  7e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3168  short chain dehydrogenase  40.23 
 
 
283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
265 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0958  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
265 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.03 
 
 
255 aa  145  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
262 aa  144  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
262 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
254 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
256 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
261 aa  142  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 
268 aa  142  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
252 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.24583 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
263 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
261 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
262 aa  138  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0140  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
264 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
247 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
256 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
249 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
250 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
270 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159561  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
261 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
260 aa  132  5e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
279 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.507862  normal  0.704803 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
266 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.78 
 
 
247 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
261 aa  132  6e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
234 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.790117 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
271 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0761637  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
255 aa  132  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2649  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
252 aa  131  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
262 aa  131  9e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.906179 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
252 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.38 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.312324 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  129  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
234 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.282686 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
253 aa  129  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.41 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  37.79 
 
 
261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0247  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.2 
 
 
234 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3406  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.86 
 
 
249 aa  129  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>