More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2171 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 253 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.82 
 
 		 253 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 252 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.606905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3037  putative short-chain dehydrogenase/reductase  57.54 
 
 		 252 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 258 aa  175  8e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 258 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 258 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 258 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 257 aa  169  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 		 251 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  40.32 
 
 		 266 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 256 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 252 aa  161  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  39.46 
 
 		 253 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0594  putative short-chain type dehydrogenase  39.68 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.722821  normal  0.132881 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 251 aa  155  6e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  36 
 
 		 272 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  36 
 
 		 272 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  37.55 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 253 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  36.61 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.01 
 
 		 259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 		 253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 255 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 		 254 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 		 272 aa  150  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 256 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.73 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 254 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 254 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 254 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 257 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.92 
 
 		 246 aa  148  8e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 246 aa  148  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 		 255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 251 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.224446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>