More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3037 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3037  putative short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
252 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.21 
 
 
252 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.606905  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.8 
 
 
254 aa  320  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
253 aa  308  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
253 aa  288  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
252 aa  162  6e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
256 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
253 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
252 aa  152  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
251 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
258 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.52 
 
 
262 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
253 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
253 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
252 aa  148  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
244 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
251 aa  148  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
258 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
258 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216969  normal  0.388897 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
258 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
251 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
249 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
269 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
258 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  142  7e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
244 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
257 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
257 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
257 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
257 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
278 aa  140  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
253 aa  139  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
248 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  39.84 
 
 
256 aa  139  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
253 aa  139  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
244 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.08 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
251 aa  139  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
258 aa  138  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
246 aa  138  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.11 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
268 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343653 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
257 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
246 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
248 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
255 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
258 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
254 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.45 
 
 
246 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
250 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
257 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  135  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
263 aa  135  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
257 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
250 aa  135  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
248 aa  135  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  33.99 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.43 
 
 
247 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
260 aa  135  8e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.05 
 
 
246 aa  135  9e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
273 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0266126  normal  0.0650388 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  39.3 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
283 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
253 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>