More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2071 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  75.2 
 
 		 256 aa  394  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  73.23 
 
 		 255 aa  387  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  72.44 
 
 		 255 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  71.26 
 
 		 255 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  71.65 
 
 		 255 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  71.65 
 
 		 255 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  72.8 
 
 		 253 aa  374  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  72 
 
 		 253 aa  375  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  69.69 
 
 		 255 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  70.08 
 
 		 255 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  69.69 
 
 		 255 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  68.9 
 
 		 255 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  67.72 
 
 		 255 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  70.4 
 
 		 253 aa  365  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  68.9 
 
 		 256 aa  362  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  70.08 
 
 		 256 aa  362  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  66.93 
 
 		 260 aa  351  7e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  64.14 
 
 		 254 aa  350  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  66.93 
 
 		 254 aa  350  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  70.04 
 
 		 254 aa  350  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  65.61 
 
 		 254 aa  349  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  65.61 
 
 		 254 aa  349  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  65.74 
 
 		 254 aa  348  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  66.53 
 
 		 254 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  66.14 
 
 		 254 aa  347  9e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  66.14 
 
 		 254 aa  347  9e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  64.94 
 
 		 254 aa  346  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  66.14 
 
 		 254 aa  345  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  64.43 
 
 		 254 aa  340  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  62.7 
 
 		 255 aa  338  5e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 		 252 aa  298  6e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 257 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 		 262 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  41.53 
 
 		 257 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 254 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 254 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 255 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 255 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 255 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.99 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 259 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.35 
 
 		 260 aa  168  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 258 aa  168  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429161  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 259 aa  162  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 255 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 		 255 aa  162  7e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.86 
 
 		 256 aa  161  9e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 		 258 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 254 aa  158  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 254 aa  158  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 		 257 aa  158  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 262 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>