More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3478 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 255 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.88 
 
 		 255 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.71 
 
 		 255 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.71 
 
 		 255 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.75 
 
 		 255 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.62 
 
 		 254 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.23 
 
 		 254 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 		 255 aa  385  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 		 258 aa  384  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.26 
 
 		 254 aa  378  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.76 
 
 		 255 aa  377  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.41 
 
 		 254 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.2 
 
 		 256 aa  363  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 		 257 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 		 257 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 		 257 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  58.8 
 
 		 257 aa  291  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.82 
 
 		 259 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 		 257 aa  208  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6035  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0967664  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4321  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0121776  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 256 aa  175  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 254 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 		 255 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 		 256 aa  169  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 		 260 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 		 254 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 261 aa  166  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 254 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 254 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.65 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 		 256 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.35 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 257 aa  158  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 260 aa  158  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 		 286 aa  156  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.04 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 251 aa  155  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 254 aa  154  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12779  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 		 260 aa  154  9e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0740489  normal  0.553244 
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 254 aa  153  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 		 269 aa  153  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>