More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1853 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  495  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  72.5 
 
 
258 aa  354  7.999999999999999e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.33 
 
 
251 aa  348  5e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  66.94 
 
 
250 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.13 
 
 
250 aa  332  3e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
247 aa  312  2.9999999999999996e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  64.34 
 
 
250 aa  308  4e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.23 
 
 
252 aa  286  2e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.59 
 
 
251 aa  277  1e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
255 aa  270  2e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.79 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
264 aa  229  4e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
261 aa  216  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
254 aa  201  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12779  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.58 
 
 
260 aa  201  8e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0740489  normal  0.553244 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
272 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
258 aa  194  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
257 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
248 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
254 aa  169  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
266 aa  167  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
254 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
254 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  41.15 
 
 
257 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
254 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
258 aa  162  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
254 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
262 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
257 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
255 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
266 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
257 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
255 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
254 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
255 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
255 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
257 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
256 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  42.68 
 
 
255 aa  153  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
247 aa  152  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
255 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
255 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
255 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
254 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
255 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
254 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
247 aa  150  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
261 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 
253 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  37.1 
 
 
257 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  149  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
255 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
255 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.19 
 
 
266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0027  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
245 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0030  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  34.01 
 
 
245 aa  145  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
260 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
245 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
282 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
254 aa  143  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
256 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
282 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
282 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
260 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
259 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
255 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
255 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.55 
 
 
259 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11130  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1462  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780505  normal  0.472933 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40522  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1312  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
245 aa  139  3e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.136779 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2207  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.19 
 
 
247 aa  139  3e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.856829 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  36 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.54 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
254 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>