More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4902 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4321  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.51 
 
 
255 aa  360  8e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0121776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6035  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0967664  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
257 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
257 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
255 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  42.4 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
255 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
254 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
255 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
255 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
254 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
255 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
257 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
254 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
255 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 
274 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
258 aa  167  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  41 
 
 
263 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 
264 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 
262 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 
267 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  41.25 
 
 
263 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
252 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  39.16 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 
260 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  39.16 
 
 
260 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
259 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
257 aa  151  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
263 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
263 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
249 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 
260 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
257 aa  142  7e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
253 aa  142  7e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
256 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
272 aa  141  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
256 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
256 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 
254 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 
255 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
254 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
254 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
253 aa  139  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
254 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
272 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
248 aa  139  6e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
262 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
254 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
254 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
255 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
248 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
287 aa  137  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  34 
 
 
254 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
259 aa  137  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  34 
 
 
254 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  38.58 
 
 
256 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  35.09 
 
 
265 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  34 
 
 
254 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
247 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
246 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
261 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.37 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0732  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
249 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
250 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  35.48 
 
 
248 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.34 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>