More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2395 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  521  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  63.39 
 
 
251 aa  299  3e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
250 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
251 aa  244  8e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
255 aa  240  2e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.96 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
251 aa  233  3e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
247 aa  231  9e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.98 
 
 
252 aa  231  1e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.63 
 
 
258 aa  225  6e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50.41 
 
 
250 aa  221  7e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.43 
 
 
256 aa  203  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
258 aa  199  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
286 aa  196  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
261 aa  192  6e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
257 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
255 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
253 aa  179  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
257 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
254 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
257 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  42.75 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
255 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
257 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12779  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.13 
 
 
260 aa  171  9e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0740489  normal  0.553244 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
256 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
272 aa  169  5e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
253 aa  168  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
254 aa  168  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  40.61 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
254 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
257 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
254 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
255 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  40 
 
 
255 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
254 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
254 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
254 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
254 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
254 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 
254 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
256 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 
254 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
255 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
248 aa  158  7e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
255 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
255 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
255 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
255 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  41.38 
 
 
255 aa  153  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
255 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  40 
 
 
255 aa  152  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
266 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
258 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
269 aa  152  8e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  38.04 
 
 
255 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
254 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.58 
 
 
248 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
245 aa  150  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
251 aa  149  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
262 aa  149  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
255 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1589  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.55 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.511722  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  145  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
245 aa  145  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
246 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
258 aa  145  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.77 
 
 
246 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
248 aa  145  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
271 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>