More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4457 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  508  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
272 aa  291  8e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
286 aa  265  7e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
255 aa  255  5e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.09 
 
 
256 aa  243  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.07 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
258 aa  232  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.77 
 
 
251 aa  222  6e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12779  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.1 
 
 
260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0740489  normal  0.553244 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.92 
 
 
250 aa  209  3e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.86 
 
 
258 aa  207  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
251 aa  206  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.3 
 
 
250 aa  206  4e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.13 
 
 
251 aa  203  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.83 
 
 
250 aa  202  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.04 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
264 aa  172  5e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
253 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
255 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
253 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 
253 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
255 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
252 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
254 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
254 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
258 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
256 aa  156  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0419778 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.04 
 
 
251 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
256 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
256 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
248 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
256 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  41.37 
 
 
254 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
266 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
257 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
256 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0123285 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
254 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
255 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
255 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
256 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
256 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429161  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
257 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
257 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
261 aa  149  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 
254 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 
260 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  38.67 
 
 
261 aa  149  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
254 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
254 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 
254 aa  148  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
255 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.27 
 
 
249 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
257 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  38 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  39.68 
 
 
261 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
261 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
256 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
254 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 
254 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
255 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
249 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
254 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
254 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  36.59 
 
 
257 aa  142  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 
267 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
254 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
259 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
247 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
255 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.86 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  40.4 
 
 
255 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
255 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0623  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.27 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
246 aa  139  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
257 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
259 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
285 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>