More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3560 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 255 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  99.22 
 
 		 255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  98.43 
 
 		 255 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  97.65 
 
 		 255 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  92.55 
 
 		 255 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  88.24 
 
 		 255 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  89.41 
 
 		 255 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  89.41 
 
 		 255 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  89.02 
 
 		 255 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  87.06 
 
 		 255 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  70.08 
 
 		 256 aa  370  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  71.6 
 
 		 253 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  69.6 
 
 		 253 aa  361  6e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  69.2 
 
 		 254 aa  359  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  68.8 
 
 		 253 aa  358  3e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  68.8 
 
 		 260 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  68 
 
 		 254 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  68 
 
 		 254 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  67.2 
 
 		 254 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  68 
 
 		 254 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  68 
 
 		 254 aa  352  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  66 
 
 		 254 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 254 aa  348  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 254 aa  348  4e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 254 aa  348  5e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  70.29 
 
 		 254 aa  347  9e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 		 256 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  67.84 
 
 		 256 aa  344  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  65.6 
 
 		 254 aa  339  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  64.82 
 
 		 255 aa  337  8e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 		 256 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  57.43 
 
 		 252 aa  292  4e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 		 257 aa  258  9e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 		 266 aa  218  5e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 		 262 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 257 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  41.37 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 		 266 aa  194  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 254 aa  188  7e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 		 254 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.4 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 255 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 		 259 aa  171  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 258 aa  169  5e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 		 255 aa  168  9e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 256 aa  164  9e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.01 
 
 		 256 aa  164  9e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 256 aa  164  9e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.19 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 		 248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 254 aa  161  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 262 aa  160  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 257 aa  159  4e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 267 aa  159  6e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.092297  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 250 aa  159  6e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.57 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 		 251 aa  158  7e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 255 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05340  d-arabinitol 2-dehydrogenase, putative  37.4 
 
 		 355 aa  158  9e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.656485  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 255 aa  158  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 251 aa  158  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>