More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3637 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 254 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 254 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  88.58 
 
 		 254 aa  472  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  88.58 
 
 		 254 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  88.58 
 
 		 254 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  88.58 
 
 		 260 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  86.61 
 
 		 254 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  88.19 
 
 		 254 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  88.19 
 
 		 254 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  88.19 
 
 		 254 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  87.8 
 
 		 254 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  84.25 
 
 		 254 aa  447  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  73.49 
 
 		 253 aa  375  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  70.92 
 
 		 255 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  73.9 
 
 		 253 aa  372  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  71.89 
 
 		 253 aa  368  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  71.25 
 
 		 254 aa  355  5e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  67.6 
 
 		 255 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 255 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 255 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  65.61 
 
 		 256 aa  349  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 255 aa  348  4e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  66.4 
 
 		 255 aa  347  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  65.6 
 
 		 255 aa  345  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  65.86 
 
 		 255 aa  344  8e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 		 255 aa  343  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  66.13 
 
 		 256 aa  340  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  62.9 
 
 		 256 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 256 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  59.51 
 
 		 252 aa  295  5e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 		 257 aa  255  5e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 		 257 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 		 266 aa  231  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 		 257 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 		 257 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  43.08 
 
 		 257 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 266 aa  210  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 262 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 254 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 254 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 255 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 		 258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.13 
 
 		 251 aa  181  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 		 255 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 256 aa  175  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.4 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.7 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 255 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 258 aa  166  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 286 aa  162  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.55 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 256 aa  160  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.108685 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.679582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 		 250 aa  158  6e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 251 aa  159  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 251 aa  158  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 258 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 247 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00331942  hitchhiker  0.00525068 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 267 aa  155  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 260 aa  155  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 		 255 aa  155  7e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 259 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>