More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3848 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.49 
 
 
253 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.89 
 
 
253 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  80.95 
 
 
253 aa  394  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.79 
 
 
253 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
255 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
258 aa  249  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  48.62 
 
 
260 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  47.67 
 
 
260 aa  240  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
257 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
251 aa  236  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  46.92 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
260 aa  232  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
260 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
260 aa  226  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  46.3 
 
 
261 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  45.53 
 
 
301 aa  225  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  45.91 
 
 
261 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
263 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
250 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  48.08 
 
 
260 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  48.61 
 
 
249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  48.61 
 
 
249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
263 aa  215  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  47.47 
 
 
258 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  47.47 
 
 
258 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
258 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  47.06 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  47.49 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  47.86 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
253 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  48.64 
 
 
261 aa  209  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  47.49 
 
 
260 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  47.49 
 
 
260 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  47.49 
 
 
260 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
260 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  47.88 
 
 
260 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  46.67 
 
 
258 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  46.67 
 
 
258 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  46.48 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  47.6 
 
 
255 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48 
 
 
255 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
253 aa  186  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  181  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
257 aa  175  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
249 aa  175  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
255 aa  172  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.48 
 
 
248 aa  172  6.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 
245 aa  171  7.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
281 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
266 aa  170  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
255 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
249 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
265 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  166  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
248 aa  165  5e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.49 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
246 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.57 
 
 
256 aa  163  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
257 aa  161  7e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  161  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0736  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
264 aa  160  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00191984  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
266 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
255 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
245 aa  160  1e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
257 aa  160  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
245 aa  160  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
256 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
255 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>