More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1880 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.89 
 
 
253 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.9 
 
 
253 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  79.76 
 
 
253 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.19 
 
 
253 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
258 aa  254  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
255 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  47.43 
 
 
260 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 
260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
251 aa  238  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
260 aa  231  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  46.09 
 
 
301 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  46.3 
 
 
261 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  45.91 
 
 
261 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
263 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
260 aa  229  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
250 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
259 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
263 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 
260 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  48.08 
 
 
260 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
249 aa  214  8e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  48.02 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  45.82 
 
 
249 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  45.82 
 
 
249 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  47.2 
 
 
258 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
253 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  47.22 
 
 
258 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  48.64 
 
 
261 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  47.08 
 
 
270 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  47.24 
 
 
258 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
260 aa  202  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  47.64 
 
 
260 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  47.64 
 
 
260 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  47.64 
 
 
260 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
260 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  46.83 
 
 
258 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  46.83 
 
 
258 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  48.19 
 
 
255 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  46.64 
 
 
259 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
253 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  194  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.59 
 
 
255 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
259 aa  187  9e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
255 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
281 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
258 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
245 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
255 aa  171  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  171  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
249 aa  168  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  168  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.49 
 
 
248 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
255 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
266 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  165  8e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  38.8 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.08 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
248 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.6 
 
 
256 aa  163  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
256 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
252 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
265 aa  162  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
246 aa  161  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
256 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.57 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>