More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1985 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 261 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  99.62 
 
 		 261 aa  534  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  96.17 
 
 		 301 aa  519  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  87.36 
 
 		 261 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  85.82 
 
 		 270 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  75.38 
 
 		 260 aa  401  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  72.69 
 
 		 260 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  74.23 
 
 		 260 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  74.23 
 
 		 260 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  78.08 
 
 		 258 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  78.46 
 
 		 258 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  76.92 
 
 		 258 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  77.31 
 
 		 258 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  74.62 
 
 		 260 aa  381  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  70 
 
 		 260 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  72.31 
 
 		 260 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  77.31 
 
 		 260 aa  374  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  77.31 
 
 		 260 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  77.31 
 
 		 260 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  76.92 
 
 		 258 aa  371  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  77.31 
 
 		 260 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  76.54 
 
 		 258 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 		 259 aa  265  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.85 
 
 		 263 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 		 253 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 		 253 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 		 255 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 		 253 aa  221  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 		 253 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 		 253 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.03 
 
 		 253 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 		 250 aa  205  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 		 260 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 		 253 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 		 258 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 		 257 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 		 249 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  44.27 
 
 		 255 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  39.22 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  39.22 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 255 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  39.23 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.87 
 
 		 255 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.64 
 
 		 251 aa  175  6e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  38.37 
 
 		 255 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 		 255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 259 aa  165  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  39.78 
 
 		 256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3571  sorbitol dehydrogenase  37.45 
 
 		 258 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  37.74 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 266 aa  160  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.343485  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  38.02 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 256 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  36.6 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 		 257 aa  159  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0427  sorbitol dehydrogenase  36.06 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.619878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 266 aa  158  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0363  sorbitol dehydrogenase  36.7 
 
 		 257 aa  158  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 253 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 		 272 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.6 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.228313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>