More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0947 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  100 
 
 		 258 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.22 
 
 		 272 aa  377  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.75 
 
 		 253 aa  338  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  62.3 
 
 		 254 aa  334  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  61.51 
 
 		 254 aa  330  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.57 
 
 		 255 aa  330  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  60.78 
 
 		 257 aa  322  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  62.4 
 
 		 255 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.69 
 
 		 261 aa  322  5e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  61.35 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.9 
 
 		 257 aa  315  4e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.06 
 
 		 269 aa  315  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.87 
 
 		 257 aa  314  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.87 
 
 		 257 aa  311  9e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  62.45 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 		 257 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 		 257 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.47 
 
 		 257 aa  305  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  56.85 
 
 		 289 aa  301  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  56.45 
 
 		 254 aa  300  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  56.45 
 
 		 254 aa  300  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  56.75 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  61.02 
 
 		 252 aa  296  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  63.75 
 
 		 251 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.47 
 
 		 255 aa  293  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  53.23 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  53.63 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  53.23 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  53.23 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  53.63 
 
 		 254 aa  290  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  53.23 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  52.82 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  53.23 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  54.44 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  52.82 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 		 256 aa  275  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 		 256 aa  275  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 		 265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.97 
 
 		 256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 		 256 aa  271  5.000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 263 aa  266  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  49.6 
 
 		 255 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 264 aa  254  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 		 255 aa  247  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 		 263 aa  245  6e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  45.31 
 
 		 265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  45.02 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 255 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 		 270 aa  224  1e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 		 260 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.97 
 
 		 251 aa  206  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 		 274 aa  204  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  43.43 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 257 aa  198  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.82 
 
 		 255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  45.6 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.39 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.8 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.39 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 		 256 aa  188  7e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.69 
 
 		 255 aa  188  9e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42 
 
 		 253 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 257 aa  187  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.22 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.36 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.71 
 
 		 251 aa  186  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 260 aa  185  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  38.96 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 		 258 aa  185  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  38.96 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.96 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.36 
 
 		 261 aa  185  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.55 
 
 		 256 aa  184  9e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.55 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  40.8 
 
 		 253 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 254 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 252 aa  182  7e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 263 aa  181  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.6 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.92 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.2 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 260 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>