More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1358 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 258 aa  502  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 		 250 aa  231  9e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 		 253 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 		 263 aa  228  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  52.05 
 
 		 255 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.64 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 		 253 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 		 253 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 		 258 aa  222  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 		 255 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 		 263 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 		 253 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 		 260 aa  211  7e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  44.31 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  43.53 
 
 		 261 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.78 
 
 		 253 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 		 260 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 		 260 aa  207  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 		 260 aa  205  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 		 260 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 		 260 aa  202  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  44.71 
 
 		 270 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  44.92 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 		 260 aa  199  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  44.71 
 
 		 261 aa  198  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  43.36 
 
 		 258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 		 253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  44.14 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  44.14 
 
 		 258 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 		 253 aa  190  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 		 254 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  44.53 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 259 aa  185  6e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 		 255 aa  178  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 		 281 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 256 aa  169  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 255 aa  168  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  37.98 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  38.74 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1421  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.46 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  38.37 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 260 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.84 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 		 247 aa  159  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1233  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00223298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 258 aa  158  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.87 
 
 		 246 aa  158  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.14 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.98 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 254 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0872  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.26 
 
 		 247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>