More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0427 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0427  sorbitol dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  519  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.619878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0363  sorbitol dehydrogenase  74.51 
 
 		 257 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2906  sorbitol dehydrogenase  76.47 
 
 		 255 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.205438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3571  sorbitol dehydrogenase  74.51 
 
 		 258 aa  398  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  75.69 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  75.78 
 
 		 256 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1731  sorbitol dehydrogenase  75.39 
 
 		 256 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4813  sorbitol dehydrogenase  72.94 
 
 		 257 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2354  sorbitol dehydrogenase  73.73 
 
 		 257 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  68.75 
 
 		 256 aa  364  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  64.84 
 
 		 256 aa  335  2.9999999999999997e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  60.92 
 
 		 261 aa  317  1e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  57.59 
 
 		 260 aa  296  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  57.59 
 
 		 260 aa  295  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2462  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0330  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0076  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0628  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  294  8e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  57.92 
 
 		 258 aa  294  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  58.69 
 
 		 258 aa  294  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  57.92 
 
 		 258 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  56.81 
 
 		 260 aa  292  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  57.53 
 
 		 258 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  57.92 
 
 		 258 aa  289  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  57.14 
 
 		 276 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  57.14 
 
 		 276 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  56.2 
 
 		 256 aa  277  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0464  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.14 
 
 		 257 aa  275  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  53.28 
 
 		 269 aa  266  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0298  sorbitol dehydrogenase  54.51 
 
 		 262 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0269  sorbitol dehydrogenase  53.33 
 
 		 263 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1113  sorbitol dehydrogenase  51.35 
 
 		 262 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  39.92 
 
 		 259 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0838  acetoin reductase  38.82 
 
 		 259 aa  171  6.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37801  normal  0.387931 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0232  acetoin reductases  38.04 
 
 		 259 aa  169  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 250 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 262 aa  168  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2396  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.12 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1091  acetoin reductase  38.26 
 
 		 268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.138148 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  37.26 
 
 		 265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0077  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  35.94 
 
 		 260 aa  163  3e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.840544  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0113  acetoin reductase  37.2 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0117  acetoin reductase  37.2 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0303  acetoin reductase  37.2 
 
 		 257 aa  162  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.506804  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 248 aa  161  8.000000000000001e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  36.4 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2379  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.58 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.303229  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  36.06 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  36.06 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 		 267 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.721857 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 257 aa  158  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.45 
 
 		 246 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2111  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00668393  normal  0.136098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2541  acetoin reductases  36.86 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0776085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0358  acetoin reductase  38.43 
 
 		 259 aa  155  7e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.110663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 258 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0124  acetoin reductase  38.08 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172897  normal  0.526201 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0093  glucose/ribitol dehydrogenase  37.11 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0903  acetoin reductase, putative  35.63 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.71 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32140  acetoin reductase family protein  34.52 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.206629 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 260 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.91 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  43.84 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.7 
 
 		 256 aa  153  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.43 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 259 aa  152  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1148  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.44 
 
 		 253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.22 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.22 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 244 aa  152  5e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  43.35 
 
 		 258 aa  151  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>